О чем фильм Матрица: Перезагрузка?: Прошло уже столько лет, как появились разумные машины которые контролируются искусственным интеллектом, что поглотили разумы почти всех людей. Без опасности изнутри, они лежат в специальных коконах соединенные в одну большую сеть, и видят один и тот же продолжительный сон пока в реальном мире творится полнейший хаос. Но не всё так плохо, ведь находятся и противники этой ужасной судьбы, которые восстали против машин и их создателей, чтобы даровать людям свободу. Скрытый от сканеров и посторонних глаз подземный город названый как «Зион» служит укрытием для этих героев.
Именно тут происходит разработка плана по освобождению и все важные решения, выступая на летающем корабле против железных монстров. И им очень сильно повезло, ведь к ним присоединился гений-хакер Томас Андерсон или же Нео. Исходя из легенд, однажды должен появится избранный, который спасет все человечество от ужасного исхода и Морфеус не ошибся выбрав Нео. У него есть сила, что способна противостоять защите системы - агентам чья единственная задача, следить за порядком и не допускать появление бунтарей. И всё же, Зион был обнаружен, и уже целая армия роботов надвигается уничтожить нарушителей, это будет по-настоящему огромная битва. И дабы не пустить всё на самотек, Нео, Тринити его любовь и Морфеус отправляются в недра матрицы, для полного уничтожения металлических врагов.